先天菜花耳可以通过做菜花耳整形手术治疗，其手术是要在皮肤与软骨间剥离形成皮瓣，而且显露增厚的纤维组织与变形的软骨，进而适当削薄，并且松解展平或雕刻塑形，从而使其符合原有的解剖形态。